ほかのクマノミ類に比べると細長い体つきをしている。オレンジ色の体に3本の白い帯と黒いひれがあり、成長すると体長は8センチメートルほどになる。近縁種のペルクラ (A. percula) とは似ているものの、体色や模様から区別が可能である。カクレクマノミはペルクラほど鮮やかな色をしておらず、背びれの鰭条の数が11本である(ペルクラは10本)。目についても両者では異なり、ペルクラの虹彩は明るいオレンジ色をしているため目が小さく見えるのに対し、カクレクマノミのそれは黒く、そのために目が大きく見える。オーストラリアのダーウィン周辺のサンゴ礁では稀にメラニスティックの(黒色色素が多い)カクレクマノミが見られ、白い帯は通常と変わらないが、体色がオレンジ色ではなく黒から暗褐色である。それらの黒い個体は、野生下では一般的ではないが、アクアリウム愛好者などの間では人気が出てきている。